日本在明治时期虽然兴起了法治思想，但也表现出了不彻底性。以日本当时的历史传统和社会土壤来看，这种法治思想的局限性是有其根源的，从国内保守势力、极权主义势力和传统封建文化三个方面来分析。
由于明治时期日本法治思想具有明显局限性，虽说在某种程度上还可以做到有法可依，但却很难做到依法行政、裁判和在法律面前一律平等，最终日本进入近代君主立宪制时代。
存在局限性的原因
1.国内保守势力的存在
自 17 世纪初，德川家康在江户设立幕府以来，日本社会即进入“近世社会”时期。根据日本历史学者的社会分期论，这一时期又被称为“幕藩体制”时期。那何为“幕藩体制”呢？
德川幕府统治时期，虽说建立了以幕府将军为首的中央政权，但并未实现真正意义上的全国统一。幕府直辖领地只占全国领土的四分之一多，其余大部分国土被二百多个“藩国”把持，其领主大名在本藩内具有一定的政治独立性。这种将军和大名联合统治的体制被称为“幕藩体制”，这种局面维持了近三个世纪。
经过倒幕运动的涤荡，幕府统治被终结，但强大的藩国势力却被保存了下来。不仅如此，由于长州、萨摩等西南强藩在倒幕运动中起了中坚作用，因而在新成立的明治政府中获得了最大的统治权益。
自 1868 年明治政府建立到 1890 年实行议会政治期间，萨、长等藩领袖一直居于政府中枢地位，领导了维新以来的诸项变革。 虽说藩阀领袖是明治维新的领导核心，也领导了明治时期日本的法律体系建设，是塑造日本近代法制体系的主流。
但他们毕竟是有着浓厚历史传统的藩国势力，由封建领主直接转化而来，本身就深受封建人治传统影响，这种影响在短期内是难以消除的。再加上他们出于维护自身政治利益的考虑，会更多的倾向人治方式，因而在某种程度上成为了社会进步的“保守势力”。
从政治学角度看，保守主义反对任何形式的革命或激进的社会变革，认为传统和秩序压倒一切。 从维新以来明治政府的诸项措施来看，“内治优先”、“殖产兴业”是其当务之急，“富国强兵”则是其最高目标，经济近代化一直优于政治民主化。即便是在种种压力下，被迫加快法律体系建设进程，也在法典编纂过程中不断加深专制主义和人治色彩，导致法典编纂过程中法治因素不断流失，法治思想的适用只能局限于很小的范围内。
2.极权主义势力崛起
19 世纪七十年代以来，随着日本一系列政治、经济和思想因素的发酵和变异，日本国内出现了一股极权主义的思潮，这是日本自明治维新以来国内外一系列不安因素累积，在政治领域发生异变的结果。所谓极权主义，又称“权力主义”，是一种高度和变异性的集权化。
它通常由某一个人或团体以独裁的方式垄断政权。在此体制下，一切政治决策和国家权力皆由独裁者所掌控，没有第二人或政治团体可以分享其权力。因此，其具有极强的统治性、弥漫性和渗透性，比专制主义犹有过之。
这种势力在 19 世纪 70 年代的日本曾初露端倪，这与明治政府推行的“殖产兴业”第二阶段有关。1870 年，明治政府设立工部省和内务省，作为“殖产兴业”政策的领导机构，由政府大力扶植资本主义经济发展。在 1880 年以前，通过“官营示范主义”和“技术移植主义”，由政府进行设备采购和工业投资，以作为示范。
1880 年以后，转为廉价“处理”国营企业，直接扶植私营企业发展，此为“殖产兴业”第二阶段。 明治政府在“处理”这些官营企业时，主要是出售给同政府关系密切、拥有特权并且资本雄厚的新型资本家。
如将三池煤矿、新町纺纱所和富冈制丝所出售给三井集团；长崎造船所、佐渡金矿和生野银矿出售给三菱集团，后其又购进高岛煤矿和大葛金矿；古河市兵卫也从政府购进院内银矿和阿仁铜矿等。
明治政府在出售这些官营企业时索取的价格极低，有些甚至是无偿转让。这些从事工商业和金融业的资本家势力迅速膨胀，奠定了其日后成为“财阀”的基础。 而财阀与军阀合流，则是带动极权主义思潮的重要因素。
3.传统封建文化的影响
日本不可能通过一次社会革命就根除一千多年的封建传统和守旧势力，以天皇为代表的专制主义和人治思想可谓根深蒂固。公元 4 世纪以来，天皇制就开始在日本政治体制中占有重要地位。
日本是岛国，自然环境相对封闭，没有出现过因外来冲击导致政体崩溃的情形；日本民族成分单一，人文国情相对稳定。在人文环境方面，天皇以“天照大神”代表，成为日本政治、宗教权威。
即便是幕府统治时期，天皇政治权力逐渐衰微，但其宗教地位却从未动摇。明治维新以后天皇能够重拾权威，就是利用这种传统文化的影响，通过纠合民众较为普遍的宗教心理和集团意识，来宣扬天皇“万世一系的统治”，这在明治时期日本的法律体系建设中深有体现。
可见，从历史国情来看，“对天皇的崇拜沉淀在民族的心理中”。由于日本这种封建文化传统的存在，明治维新后的日本依旧有实行人治的社会土壤。
法治思想中的局限性造成的影响
19 世纪晚期日本法治思想只能在有限范围内体现，人治思想渗透在这一时期的法典编纂之中，很难真正做到依法行政和法律至上。这种局面的形成以 1889 年《大日本帝国宪法》的出台为重要表现，它以国家根本大法的形式确立了由“主权在民”到“主权在君”原则的转变。
在日本的法律体系中，存在者超越法律的特权者，并不能真正做到依法行政和裁判。这种局面所造成的联合影响或最大影响就是日本进入近代立宪君主制时代，而日本的立宪君主制是以天皇制为主要表现形式的。
由法制确立社会统治秩序和规范，通过对传统统治模式的改变，在《大日本帝国宪法》构建的权力框架之中，天皇由幕后走向台前，成为了名副其实的最高统治者。有学者认为“帝国宪法所确定的体制否定了律令天皇制以来的传统，将天皇作为君临日本的最高掌权者，废弃了历史上天皇不亲政的原则”
《大日本帝国宪法》采用了西方宪政的外在模型，原先擅弄威权的藩阀官僚成为了直接对天皇负责的国务各部大臣，自然也要受到宪法的约束，这在一定程度上制约了明治初期以来的藩阀专制，这促进了权力向天皇和对天皇负责的各部大臣的手中集中。由于明治宪法规定了有较高财产资格限制的选举权，这等于是直接剥夺了普通民众的选举权，为新兴地主、资产阶级敞开了通向议会的大门。
因而天皇制政体有了稳固的统治基础，使其朝着资产阶级化的君主立宪制迈出了重要的一步，这也是左右日本此后国势的关键一步。在《大日本帝国宪法》颁布的同一天，明治天皇还非正式的发布了作为“家法”的《皇室典范》，这是关于皇位继承、摄政、皇族以及皇室财产等方面规定的法规。
1888 年，当时的法制局长井上毅在《皇室典范说明》中，指出“皇室要有典范，这是立宪国家的要义：典范的地位应高于宪法”。由此可见，《皇室典范》在日本法制构成和辅弼天皇制中地位的重要性。
《皇室典范》作为《大日本帝国宪法》的重要补充，是作为“家法”的形式进一步维护天皇制，并将其法典条文割裂于议会干涉之外，他所宣扬的同样是以“尊皇”为旗帜的人治思想。真正意义上的法治思想所要求的依法行政和裁判、法律面前一律平等，它都没有完整地体现出来。
《大日本帝国宪法》与《皇室典范》、《教育敕语》构成了一个相互衔接的法律链条，将天皇紧紧围绕其中，真正实现了“邦国就是君主，君主就是邦国”的法制构想。天皇成为国家和政权的象征，是超越宪法和法律的存在。
这并没有真正体现依法治国和行政思想，也没有做到法律面前一律平等。由此可见，这一时期日本政治制度的变动，主要表现为天皇“至尊”地位的确立，在以立宪为核心的法律体系建设中，确立了“立君定律”、“天皇主权”等思想原则，天皇成为国家和政权的象征。
这种现象表现出，人治思想似乎更符合日本国内强大的人治文化传统和现实需求，它要求赋予天皇很大的权力，并以此作为一种社会规范。由此，天皇成为了超越法律的存在，在法律面前有了特权者和特权阶层。但这一时期日本也吸收了一些西方先进思想，如保护物权等。因此日本明治时期确立的是封建专制与适度吸收西方先进思想的结合的政治制度。
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