明洪武元年、元至正二十八年、公元1368年八月，明朝开国名将徐达、常遇春统帅的25万明军精锐进抵元大都（今北京）城下，元顺帝见明军势大、自知不敌，遂出逃上都（今内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗境内），后又北逃至和林（今蒙古国鄂尔浑河上游东岸哈尔和林），统治中原89年的元帝国终结，但退据草原的元顺帝依旧保留了元朝的国号与制度，并控制在东起鸭绿江、西到哈密的辽阔疆域，后世称之为北元，此后与大明帝国进入了长期的拉锯战中。

1388年三月，明军名将蓝玉率15万大军深入漠北，在捕鱼儿海（今贝尔湖）聚歼北元主力7万余人，一战打断北元脊梁骨。此后，阿里不哥后裔也速迭儿在瓦剌首领乌格齐哈什哈的帮助下发动政变，诛杀北元皇帝脱古思帖木儿，自立为卓里克图汗，北元从此分裂为瓦剌、鞑靼、兀良哈三部。他们彼此攻伐，互相混战。洪武二十四年（1391年），也速迭儿病逝，其子恩克即位，恩克在位三年又去世，瓦剌蒙古与东蒙古正统派拥立脱古思帖木儿次子额勒伯克为大汗，号尼古哷苏克齐汗，北元汗位再次回归到忽必烈一系，但此时的北元大汗已经是名存实亡的傀儡，大权皆出自底下权臣之手。

1402年，朱棣称帝，是为明成祖。朱棣在位22年，连续发动5次对草原的大规模军事打击运动，是为五征漠北，北元在明军的持续打击下，伤亡惨重，这才有了后来的仁宣之治的辉煌。正统四年（1439年），北元太师脱欢逝世，其子也先继任太师，成为北元朝廷实际上的统治者。也先雄才大略，在他的努力下，草原上重归一统，并在正统十四年（1449年），也先率军在土木堡歼灭明军20万精锐，一战终结大明帝国昂扬向上的国运。景泰五年（1454年），也先在政变中被平章阿剌知院刺杀，而后喀喇沁部孛来又杀了阿剌知院，从此北元再次分裂混战，好不容易稳定的局面再次崩坏。

成化十五年（1479年），济农巴彦蒙克之子巴图孟克继位北元大汗，他就是北元历史上赫赫有名的中兴之主“达延汗”。成化二十二年（1486年），达延汗诛灭权臣太师亦思马因，自掌朝政。从洪武二十四年（1391年），也速迭儿病逝到成化二十二年（1486年），达延汗亲政。整整95年，北元终于有了一个有实权的大汗。达延汗鉴于权臣频频干预国政的弊端，废除了太师、丞相等官职，恢复了成吉思汗时代的济农制度，强化了中央集权。而后，达延汗亲率大军征服了鄂尔多斯部、土默特部、永谢布部、蒙郭勒津部、喀尔喀部、兀良哈部、科尔沁部以及兀良哈三卫等蒙古诸落，至正德五年（1510年），基本统一蒙古本部。

正德十二年（1517年），达延汗逝世，达延汗长孙博迪继承汗位，号“阿剌克汗”。嘉靖二十六年（1547年），博迪离世，其子达赉逊即汗位，号“库登汗”。此时，蒙古鞑靼部崛起，鞑靼部首领阿勒坦自立为汗，号“俺答汗”。北元从此一分为二，再次分裂。万历三十二年（1604年），林丹巴图尔继承北元汗位，号“呼图克图汗”，即林丹汗，是为北元最后一任大汗，但实际控制区也就是察哈尔一带。 林丹汗意欲恢复祖先成吉思汗的荣光，并以武力统一蒙古诸部。但因为操之过急，反而使得众叛亲离，北元诸部陆续归降后金。崇祯五年（1632年）四月，后金军远征林丹汗部，林丹汗大败，仅率残部逃亡青海。崇祯七年（1634年）夏天，林丹汗因病去世，黄金家族最后的“倔强”退出历史舞台。崇祯八年（1635年）四月， 林丹汗三福晋叶赫那拉·苏泰与其子额哲奉传国玉玺出降后金，北元正式宣告灭亡。后金大汗（即清太宗）皇太极将归附的察哈尔部被安置在义州（今辽宁义县），并整编为八旗（即蒙古八旗），从此被纳入了后金（大清）帝国的“战车”。 


                                        
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